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Zustand:
Im Enterprise Manager Cloud Control 12.1 tritt der Fehler auf, dass in der GUI der jeweilige agent als "not available" gekennzeichnet ist.
Es können keine Daten vom agent an den OMS gesendet werden, es treten folgende Fehlermeldungen auf: 

EMD upload error:full upload has failed: Upload timed out before completion.
oder
EMD pingOMS error: The agent is blocked by the OMS


Per Command  "./emctl status agent"  zeigt sich folgendes Bild:

HOSTAGENT:/oracle/product/12cc/agent/agent_inst/bin  > ./emctl status agent
Oracle Enterprise Manager 12c Cloud Control 12.1.0.1.0
Copyright (c) 1996, 2012 Oracle Corporation.  All rights reserved.
---------------------------------------------------------------
Agent Version     : 12.1.0.1.0
OMS Version       : (unknown)
Protocol Version  : 12.1.0.1.0
Agent Home        : /oracle/product/12cc/agent/agent_inst
Agent Binaries    : /oracle/product/12cc/agent/core/12.1.0.1.0
Agent Process ID  : 10027198
Parent Process ID : 11272400
Agent URL         : https://hostagent:3872/emd/main/
Repository URL    : https://hostoms:1159/empbs/upload
Started at        : 2015-05-07 15:13:44
Started by user   : oracle
Last Reload       : (none)
Last successful upload                       : (none)
Last attempted upload                        : 2015-05-08 14:01:55
Total Megabytes of XML files uploaded so far : 0
Number of XML files pending upload           : 3.827
Size of XML files pending upload(MB)         : 34,73
Available disk space on upload filesystem    : 70,63%
Collection Status                            : Collections enabled
Last attempted heartbeat to OMS              : 2015-05-08 13:59:30
Last successful heartbeat to OMS             : (none)
---------------------------------------------------------------
Agent is Running and Ready
HOSTAGENT:/oracle/product/12cc/agent/agent_inst  >


Beim Versuch Daten vom Agent zum OMS zu senden, zeigt sich die timeout Fehlermeldung:

HOSTAGENT:/oracle/product/12cc/agent/agent_inst/bin  > ./emctl upload agent
Oracle Enterprise Manager 12c Cloud Control 12.1.0.1.0
Copyright (c) 1996, 2012 Oracle Corporation.  All rights reserved.
---------------------------------------------------------------
EMD upload error:full upload has failed: Upload timed out before completion.
Number of files to upload before the uploadNow call: 3827, total size (MB): 34.72895
Remaining number of files to upload: 3830, total size (MB): 34.738182 (TIMEOUT)
HOSTAGENT:/oracle/product/12cc/agent/agent_inst/bin  >


Die eigentliche Fehlerursache zeigt sich über das pingOMS Command:
HOSTAGENT:/oracle/product/12cc/agent/agent_inst/bin  > ./emctl pingOMS
Oracle Enterprise Manager 12c Cloud Control 12.1.0.1.0
Copyright (c) 1996, 2012 Oracle Corporation.  All rights reserved.
---------------------------------------------------------------
EMD pingOMS error: The agent is blocked by the OMS.
HOSTAGENT:/oracle/product/12cc/agent/agent_inst/bin  >


Um den "blocked" Status aufzuheben, hat sich folgendes Vorgehen bewährt:
  1. Agent stoppen
  2. Agent secure durchführen und anschließend neu starten
  3. Agent über GUI resyncen
  4. Agent Status anzeigen lassen und upload testen

Schritt 1:
HOSTAGENT:/oracle/product/12cc/agent/agent_inst/bin  > ./emctl stop agent
Oracle Enterprise Manager 12c Cloud Control 12.1.0.1.0
Copyright (c) 1996, 2012 Oracle Corporation.  All rights reserved.
Stopping agent ..... stopped.
HOSTAGENT:/oracle/product/12cc/agent/agent_inst/bin  >

Schritt 2:
HOSTAGENT:/oracle/product/12cc/agent/agent_inst/bin  > ./emctl secure agent
Oracle Enterprise Manager 12c Cloud Control 12.1.0.1.0
Copyright (c) 1996, 2012 Oracle Corporation.  All rights reserved.
Agent is already stopped...   Done.
Securing agent...   Started.
Enter Agent Registration Password :
EMD gensudoprops completed successfully
Securing agent...   Successful.
HOSTAGENT:/oracle/product/12cc/agent/agent_inst/bin  >

HOSTAGENT:/oracle/product/12cc/agent/agent_inst/bin  > ./emctl start agent
Oracle Enterprise Manager 12c Cloud Control 12.1.0.1.0
Copyright (c) 1996, 2012 Oracle Corporation.  All rights reserved.
Starting agent ......................... started.
HOSTAGENT:/oracle/product/12cc/agent/agent_inst/bin  >


Schritt 3:
In der Cloud Control GUI über den Button "Targets" => "All Targets" aufrufen. In der nun angezeigten Liste die Zeile mit dem entsprechenden "hostname:Port" klicken.
Tipp:
Zum leichten Auffinden bei größeren Installation entweder im linken Menü nach "agent Unreachable" klicken oder in der rechten Auflistung der Targets die Spalte "Target Type" zu hilfe nehmen.
Im nun gezeigten Screen, findet sich oben links neben dem Text "Agent" ein kleines Menü, darin der Eintrag "Resynchronization", den wir auswählen.
Die "unblock agent ..." Option ausgewählt lassen und auf  "Continue" klicken.
Im nächsten Screen wird der Job angezeigt, der gestartet wird. Diesen bitte abwarten, bis er erfolgreich beendet ist (kann einige Minuten dauern).


Schritt 4:
Nun sollte die Kommunikation zwichen agent und OMS wieder funktionieren und der upload möglich sein:

HOSTAGENT:/oracle/product/12cc/agent/agent_inst/bin  > ./emctl upload agent
Oracle Enterprise Manager 12c Cloud Control 12.1.0.1.0
Copyright (c) 1996, 2012 Oracle Corporation.  All rights reserved.
---------------------------------------------------------------
EMD upload completed successfully
HOSTAGENT:/oracle/product/12cc/agent/agent_inst/bin  >


HOSTAGENT:/oracle/product/12cc/agent/agent_inst/bin  > ./emctl status agent
Oracle Enterprise Manager 12c Cloud Control 12.1.0.1.0
Copyright (c) 1996, 2012 Oracle Corporation.  All rights reserved.
---------------------------------------------------------------
Agent Version     : 12.1.0.1.0
OMS Version       : 12.1.0.1.0
Protocol Version  : 12.1.0.1.0
Agent Home        : /oracle/product/12cc/agent/agent_inst
Agent Binaries    : /oracle/product/12cc/agent/core/12.1.0.1.0
Agent Process ID  : 15859734
Parent Process ID : 24838328
Agent URL         : https://hostagent:3872/emd/main/
Repository URL    : https://hostoms:1159/empbs/upload
Started at        : 2015-05-08 12:43:50
Started by user   : oracle
Last Reload       : (none)
Last successful upload                       : 2015-05-08 13:17:00
Last attempted upload                        : 2015-05-08 13:17:00
Total Megabytes of XML files uploaded so far : 0,38
Number of XML files pending upload           : 0
Size of XML files pending upload(MB)         : 0
Available disk space on upload filesystem    : 71,99%
Collection Status                            : Collections enabled
Last attempted heartbeat to OMS              : 2015-05-08 13:17:07
Last successful heartbeat to OMS             : 2015-05-08 13:17:07

---------------------------------------------------------------
Agent is Running and Ready
HOSTAGENT:/oracle/product/12cc/agent/agent_inst/bin  >


Zusatz:
Erscheint beim Aufruf des Agent Status die Meldung:  "Collection Status :  [DISK_FULL]"
so kann im file: emd.properties folgende 2 Zeilen hinzugefügt werden:

/oracle/product/12cc/agent/agent_inst/sysman/config  > vi emd.properties
UploadMaxDiskUsedPct=99
UploadMaxDiskUsedPctFloor=90